大蒜病害主要有大蒜叶枯病、叶疫病、细菌性心腐病、病毒病等，大蒜叶枯病和病毒病为常发性病害，发生较普遍，危害程度高于其它病害。大蒜虫害主要有葱地种蝇（幼虫俗称蒜蛆）、葱须鳞蛾、蓟马、蚜虫等，葱地种蝇为常发性害虫，常影响大蒜出苗。
大蒜病虫害防治方法
1、选用优良蒜种。挑选无病斑、无虫孔、无创伤、不霉烂、成熟度一致的优质饱满健壮蒜种，提高自身抗逆性，减轻病虫危害。
2、加强田间管理。合理轮作，避免与葱类、韭菜等葱属作物连作或邻作；施用腐熟的有机肥，增施磷钾肥；播种前用新高脂膜拌种，下种后及时喷施新高脂膜保温保墒，提高出苗率；合理密植，及时开沟排水，降低温度。
3、病害防治。防治大蒜病害要有所侧重，重点防治主要病害、兼治次要病害，注意交替用药。
大蒜叶枯病发生初期可选用75%百菌清可湿性粉剂倍液、25%使百克乳油倍液、50%扑海因可湿性粉剂倍液等防治；
细菌性心腐病可用86.2%铜大师可湿性粉剂倍液或77%可杀得超微粉倍液等细菌性杀菌剂防治；
病毒病在发生初期可选用20%病毒a倍液或6%氨基·链蛋白可湿性粉剂倍液等防治；
叶疫病可在防病初期用72%霜脲·锰锌可湿性粉剂-倍液或50%锰锌·乙铝倍液等防治。
4、虫害防治。
①药剂拌种：蒜蛆危害较严重的地块，可用40%二嗪农乳油按种子量0.4%-0.5%拌种，或用60%吡虫啉悬浮种衣剂50mL或30%噻虫嗪种子处理悬浮剂50mL兑水1.5kg喷拌-kg蒜种，将蒜种摊放在阴凉通风处晾干后播种。
②药剂喷雾：蒜蛆成虫发生高峰期，大蒜喷洒2.5%溴氰菊酯乳油倍液，杀死成虫，减少害虫的产卵量和幼虫数量。
③灌根：在蒜蛆幼虫危害盛期，零星出现死苗、黄苗的田块，用40%辛硫磷乳油倍液或37%联苯·噻虫胺悬浮剂倍液灌根防治。
④可用吡虫啉、噻虫嗪等药剂防治蚜虫、蓟马。