随着大蒜种植面积的扩大，耕作制度和栽培环境的不断变化，大蒜植株的抗性也逐渐降低，大蒜病害造成的损失越来越大，某些病害呈现急剧上升的趋势，加剧了对大蒜的危害。调查发现，大蒜病害对大蒜的危害损失率可达到20-30%，严重年份可达到50%以上。大蒜的等级下降严重，产量受损，挫伤了蒜农的积极性。
常见病害有叶枯病、软腐病、菌核病、锈病、疫病、病毒病、花叶病毒病、白腐病等。
叶枯病：病害特征：叶片受侵染后，表现出4种发病类型，尖枯型、条斑型、紫斑型和白斑型。发生规律：主要发病条件是高湿，降雨后的田间易发病，该病通常伴随霜霉病和紫斑病一起发生。
防治：使用百菌清、代森锰锌进行预防；发病后使用唑醚.代森连、苯醚甲环唑等。
软腐病：病害特征：一般从下部叶片开始发病，发病初期叶缘或中脉出现*白色条斑。发生规律：病菌事宜高温、潮湿环境，最适宜发病气候条件为温度25~30℃，土壤含水量高，田间湿度大有利于发病。
防治：使用中生菌素、氢氧化铜，春雷霉素+王铜、噻菌铜。
锈病：病害特征：病部初为椭圆形褪绿斑，后在表皮下出现圆形或椭圆形稍凸起的夏孢子堆，病斑周围有*色晕圈。发生规律：病菌喜低温潮湿的环境，发病温度10~23℃，湿度90%以上。
防治：使用代森联、三唑酮，苯醚甲环唑、丙环唑等。
疫病：病害特征：发病初期在叶尖或叶片中部出现白色至*色水浸状斑，后导致半个叶片至整个叶片枯死。发生规律：病菌喜高温、高湿条件，发病适宜温度23-32℃，相对湿度高于95%并有水滴存在条件下。
防治：使用霜霉威盐酸盐、代森联，霜脲.锰锌、嘧菌酯等。
白腐病：病害特征：表皮下形成黑色菌核，随后蒜种表面呈水渍状凹陷，软化腐烂，表面形成白色菌丝和球形菌核。
发生规律：当气温低于20℃且长时间湿度大，流行发病。
防治：拌种：甲基硫菌灵。发病初期：使用多菌灵、异菌脲、甲基硫菌灵。
花叶病：病害特征：沿叶脉出现断续*条点，后连成*绿相间长条纹，植株矮化，且个别植株心叶被邻近叶包住，呈卷曲状畸形，长期不能完全伸展，致叶片扭曲。发生规律：高温干旱发病重。
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